В отличие от сельского хозяйства добывающая промышленность страны уже в колониальный период имела ярко выраженное экспортное направление. Богатство Перу золотом и серебром было причиной конкисты. Разграбив накопленные инками запасы драгоценных металлов, испанцы с 40-х годов XVI в. уже сами организуют их добычу. Особенно большое значение имела добыча серебра в Потоси, в районе Арекипы и в Серро-де-Паско. Добыча золота имела меньшее значение, так как его месторождения были не столь богаты. Большая часть добычи благородных металлов шла в Испанию.
Развитие горной промышленности поощрялось законом. Испания крайне нуждалась в деньгах, поэтому с 1584 г. всем испанцам в Америке было разрешено вести разведку и добычу руды даже на чужих землях при условии, что одна пятая стоимости добываемых металлов будет выплачиваться казне. Доля казны с целью всемерного стимулирования добычи иногда сокращалась до одной десятой и даже до одной двадцатой.
Большое влияние на рост добычи благородных металлов оказало внедрение амальгамационного процесса для извлечения золота и серебра из руд. В середине 50 годов XVI в. амальгамирование получило распространение в Мексике. Ртуть, необходимая для этого процесса, доставлялась сюда из Испании со знаменитого месторождения Альмаден (служба ртути). Успешное применение этого способа побудило испанцев начать поиски ртути в Перу, так как доставка ртути из Испании обходилась очень дорого. Поиски эти увенчались успехом — в 1563 г. были найдены большие запасы киновари возле Уанкавелики и начата ее добыча на руднике Санта-Барбара. Как и на других рудниках, здесь применялся принудительный труд индейцев. Индейские общины должны были выполнять миту, то есть особую трудовую повинность. Перуанская ртуть стала даже вывозиться в Мексику.
Испанское правительство препятствовало развитию в своих колониях тех отраслей обрабатывающей промышленности, которые были сильно развиты в самой Испании. Но испанская промышленность была не в состоянии обеспечить колонии всем необходимым, и поэтому в отличие, например, от более развитой Великобритании Испания допускала развитие ряда производств в своих американских колониях. В Перу, в частности, процветала обработка благородных металлов — изготовлялись украшения, серебряная посуда, церковная утварь. Особенно славилась серебряными изделиями Арекипа — здесь производилось столовое серебро и отливались церковные колокола с высоким содержанием серебра. Развивалось и производство хлопчатобумажных тканей, изделий из кожи (седла, сбруя, ремни, обувь), производство мебели, фарфора и стекла, каретное производство.
В обработке металлов, изготовлении тканей и других изделий испанцы использовали старинные навыки индейцев. Именно благодаря высокоразвитому индейскому ремеслу обрабатывающая промышленность в колониальную эпоху развилась быстрее, нежели в прочих колониях Испании.
Знать в Лиме была многочисленна и предъявляла большой спрос на предметы роскоши и домашнего обихода. Это также способствовало развитию здесь обрабатывающей промышленности.
